原标题：54篇10月份发表的单细胞测序相关的文章，平均影响因子达到了20.4！
上个月小编为大家盘点了9月份单细胞测序的与之相类似的文章发表情况，很多小伙伴们看完之后对单细胞技术有了更深的认识。作为生命科学领域最具发展前途的技术，10月份单细胞测序相关的文章又有哪些呢？
本期小编一共为大家统计了54篇10月份发表的单细胞测序相关的文章，平均影响因子达到了20.4！而影响因子15.0以上的文章达到了24篇，比9月份还多了7篇，由此可见单细胞测序技术的热度真是与日俱增啊！
影响因子为15.0以上的文章
接下来为大家盘点部分单细胞测序文章，希望有机会能够为大家带来单细胞研究的新思路。
标题：Resolving the fibrotic niche of human liver cirrhosis at single-cell level.
发表期刊：Nature
影响因子：43
DOI：10.1016/j.cell.2019.09.020
摘要：
肝硬化是造成死亡的根本原因，其特征是纤维化。目前尚无有效的抗纤维化治疗。为了更好地理解疾病发病机制中涉及的细胞和分子机制、发现治疗靶点，本文对100,000个以上的人类单细胞转录组进行分析，在健康和肝硬化人类肝脏中发现非实质细胞类型的分子定义。
TREM2+ CD9+ 巨噬细胞亚群，该亚群在肝脏纤维化中增值，与循环单核细胞不同，具有促纤维化作用。本文还发现了在肝硬化中增值并增强白细胞转运的ACKR1+ 和PLVAP+ 内皮细胞。瘢痕相关巨噬细胞、内皮细胞和PDGFR 胶原生成性间充质细胞之间配体和受体相互作用的多谱系模型显示了几种促纤维化通路的瘢痕内活性，包括TNFRSF12A、PDGFR 和NOTCH 信号。本文为发现肝硬化的合理治疗靶点提供了概念性框架。
标题：Decoding human fetal liver haematopoiesis.
发表期刊：Nature
影响因子：43
DOI：10.1038/s41586-019-1652-y
摘要：
胎儿肝脏的造血干细胞和多潜能祖细胞 (HSC/MPPs) 的自我更新和分化已被发现，但在人类中的作用尚不清楚。本文利用约140,000个肝脏和 74,000 个皮肤、肾脏和卵黄囊细胞的单细胞转录组图谱鉴定了发育过程中的人类血液和免疫细胞库。另外通过 HSC/MPPs 推断分化轨迹，评价组织微环境对血液和免疫细胞发育的影响。
本文揭示了胎儿皮肤的生理性红细胞生成以及卵黄囊中存在的肥大细胞、自然杀伤细胞和先天淋巴细胞前体。证明在孕期胎儿肝脏的造血成分发生了改变，不再以红细胞为主，同时伴有 HSC/MPPs 分化潜能的平行改变，这在功能上得到了验证。本文的胎儿肝脏造血综合图谱为儿科血液和免疫系统疾病的研究提供了蓝图，并为利用 HSC/MPPs 的治疗潜力提供了参考。
标题：Spatiotemporal immune zonation of the human kidney
发表期刊：Science.
影响因子：41.037
DOI：10.1126/science.aat5031
摘要：
组织驻留免疫细胞对于器官的稳态和防御很重要。上皮细胞可能直接或通过与免疫细胞的交互作用参与这些功能。本文使用单细胞转录组测序来解决人类肾脏的时空免疫拓扑结构。
文章揭示了上皮细胞内免疫基因的解剖学定义的表达模式，抗菌肽转录物在成熟的而不是胎儿肾盆腔上皮细胞中明显存在。在胎儿和成熟的肾脏中，组织内存在的髓样和淋巴样免疫细胞网络都是明显的，并且在出生后，转录程序的获得促进了感染防御能力。总的来说，本文提供了一个关于人类肾脏免疫景观如何分区以应对主要免疫挑战的综合概述。
标题：Multimodal Analysis of Cell Types in a Hypothalamic Node Controlling Social Behavior.
发表期刊：Cell
影响因子：36
DOI：10.1016/j.cell.2019.09.020
摘要：
腹内侧下丘脑的腹侧分支（VMHvl）包含约4000个神经元，这些神经元投射到多个功能区并控制与生俱来的社会行为，包括侵略和交配行为。然而，VMHvl中细胞类型的数量及其连通性和行为功能的关系尚不清楚。本文使用单细胞转录组测序，分别研究转录组特征与轴突投射或行为激活之间的对应关系。
典型相关分析（CCA）鉴定了17种转录组类型（T型），早期基因分析确定了对入侵者雄性和雌性表现出优先反应的T类型，但这仅是行为特异性激活的罕见例子。然而，许多VMHvl T类型包含具有不同投影目标偏好的混合神经元群体。这些分析表明，少有VMHvl T类型表现出与特定行为激活和连通性明确的对应关系。
标题：High-Throughput Mapping of Long-Range Neuronal Projection Using In Situ Sequencing.
发表期刊：Cell
影响因子：36
DOI：10.1016/j.cell.2019.09.023
摘要：
探索神经回路需要破译由空间组织、连接、基因表达和其他特性定义的无数细胞类型之间的相互作用。解决细胞类型需要单神经元分辨率和高通量，这是在传统方法基础上的一个具有挑战性的组合。本文介绍了测序解析的条形码解剖学(BARseq)，这种新技术可用于通过精确地指出神经元所在的位置来扩展大脑图谱。这使得BARseq不但可以确定神经元的连接方式，还可以确定其基因表达模式和生理活性，这是MAPseq不能解决的两个难题。
使用BARseq将映射到小鼠听觉皮层11个区域的3579个神经元，证实了投射神经元的三个顶级类别(脑内(inatalalic) [IT]、锥体束样(pyramid tract-like) [PT-like]和皮质丘脑(corticothalamic) [CT])的层状组织。在深入分析后发现了一种投射类型，这种投射类型几乎完全局限于转录定义的IT神经元亚型。通过在高通量的细胞分辨率上架起解剖学和转录组学的桥梁，BARseq有可能揭示神经回路结构和形成背后的组织原理。
标题：Locally instructed CXCR4hineutrophils trigger environment-driven allergic asthma through the release of neutrophil extracellular traps
发表期刊：Nat. Immunol.
影响因子：23.53
DOI：10.1038/s41590-019-0496-9
摘要：
微生物产物、呼吸道病毒感染和空气污染是过敏性哮喘的主要危险因素，但这些情况与宿主对2型过敏性疾病的易感性之间的机制联系仍不清楚。通过使用单细胞转录组测序，我们对暴露于低脂多糖(LPS)或高脂多糖(LPS)的小鼠肺中性粒细胞进行了鉴定。
与暴露于高剂量的LPS不同，暴露于低剂量的LPS指示招募的中性粒细胞上调趋化因子受体CXCR4的表达并释放中性粒细胞胞外陷阱。低剂量LPS诱导的中性粒细胞和中性粒细胞胞外诱捕器增强了CD11bLy-6C树突状细胞和2型变应性气道炎症对屋尘螨的摄取。由CXCR4中性粒细胞衍生的嗜中性粒细胞胞外捕集器也被用于介导因感染流感病毒或暴露于臭氧而引发的过敏性哮喘。我们的研究表明，明显不相关的环境危险因素可以形成募集的肺中性粒细胞，促进过敏性哮喘的发生。
标题：Single-Cell Tranome Analysis of Uniparental Embryos Reveals Parent-of-Origin Effects on Human Preimplantation Development.
发表期刊：Cell Stem Cell.
影响因子：21
DOI：10.1016/j.stem.2019.09.004
摘要：
为了研究亲本基因组对早期胚胎发生的作用，本文系统地分析了从单细胞到桑椹胚阶段的双亲本和单亲本胚胎的单细胞转录组。
单亲胚胎表现出可变和降低的胚胎基因组激活（EGA）。比较转录组分析鉴定了807个母本偏向表达基因（MBGS）和581个父本偏向表达基因（PBGS）。MBGS在4-细胞期明显，参与EGA的发生，而PBGS优先出现在8-细胞期，可能影响胚胎的致密化和滋养外胚层的发育。调控网络分析显示DUX4、EGR2和DUXA是MBGS表达的关键转录因子，ZNF263和KLF3是PBGS表达的重要转录因子。本文证明了亲本特异性DNA甲基化可能是大多数PBGS表达的原因。本研究结果为了解亲本基因组的激活提供了有价值百科的资源，并可能有助于阐明亲本在人类早期发育中的作用。
标题：Tranional Atlas of Intestinal Immune Cells Reveals that Neuropeptide α-CGRP Modulates Group 2 Innate Lymphoid Cell Responses.
发表期刊：Immunity
影响因子：21
DOI：10.1016/j.immuni.2019.09.004
摘要：
小肠免疫应答信号异常可引发慢性II型炎症，涉及多种免疫细胞类型的相互作用。为了系统地描述这种反应，我们对58,067个小鼠小肠免疫细胞进行了单细胞转录组测序，包含稳定状态下和诱导卵白蛋白(OVA)的II型炎症反应细胞。
细胞类型组成和细胞通路在炎症反应中发生了广泛的变化，特别是在固有淋巴样细胞(ILC2s)中。炎症诱导Calca的第5外显子的表达,它在肠道KLRG1+淋巴样细胞中编码α-降钙素相关基因肽(α-CGRP)。α-CGRP抑制KLRG1+ ILC2细胞的增殖但上调该细胞内IL-5的表达。本文强调了α-CGRP介导的神经信号对抑制ILC2细胞增殖和维持体内II型免疫机制平衡是至关重要的。
单细胞测序数据分析与课题设计面授会
深圳班：11.23-24 清华大学伯克利深圳学院
上海班：12.21-22 上海中兴和泰酒店
【会议背景】单细胞测序是从单个细胞水平对基因组和转录组进行研究。2015年以来，10X Genomics、Drop-seq、Micro-well、Split-seq等技术的出现，彻底降低了单细胞测序的成本门槛。自此，单细胞测序技术被大范围的应用于基础科研和临床研究。通过单细胞测序可以最大程度的反映细胞的异质性，发现新的细胞群和细胞亚群，并为阐明细胞状态转换的调控机理提供了技术保障。单细胞技术以及数据分析方法在肿瘤、发育生物学、免疫学、神经科学等领域有重要应用，是现今生命科学研究的焦点。
【会议特色】
本次课程以近期CNS文章为案例主线，逐一详细剖析，全程电脑实战教学。理论与实践相结合，老师将以最简单易懂的方式，既介绍单细胞测序的研究方法、分析内容和最新前沿进展，又介绍具体的数据库、工具和软件的使用，并在课堂上进行上机指导。讲师经验比较丰富，教学深入浅出，能让大家获得从单细胞组学原始数据实现CNS图形绘制的实战能力。
【讲师背景】来自中科院，长期从事单细胞多组学方面的项目研究，目前已在Nature等杂志发表文章四十多篇，承担国家科技部、国家自然基金委和重点研发计划等多项课题。
【主要内容】详细内容见课表
1.熟悉单细胞组学图表解读和研究思路。
2.掌握单细胞组学分析标准流程和常用软件。
3.熟悉单细胞数据的分型和marker基因鉴定。
4.掌握单细胞数据的轨迹分析及功能富集分析。
5.了解单细胞课题设计方法及研究思路。
【预期目标】本学习班由多年从事单细胞组学研究的科研人员授课，通过深入浅出的理论讲解和实例案例，帮助学员拓展研究思路，提升科研水平，增加职业竞争力。通过本次课程培训将使学员系统掌握当前主流的单细胞组学分析流程、方法和软件，从零基础实现到CNS图表的绘制，同时提升研究深度和广度，拓宽研究思路。
【使用软件】
主要使用R和Rstudio，部分涉及Lniux
以下为课程详细课表
单细胞测序数据分析及研究思路研讨会议程 | |||
第一天上午（理论） | 9:00-10:30 | 单细胞测序技术与应用 | 1. 单细胞组学技术发展历程和原理介绍。 |
2. 单细胞测序技术在科研领域的应用。 | |||
3. 近年单细胞技术CNS文章思路解析。 | |||
10:30-10:45 | 茶歇 | ||
10:45-12:00 | 单细胞测序图标解读及思路 | 4. 单细胞文章常见图表解读。 | |
5. 单细胞组学技术在癌症、发育、免疫及在植物等领域的研究内容及思路。 | |||
12:00-13:30 | 午餐及午休 | ||
第一天下午（实操） | 13:30-15:30 | Linux及R语言入门、软件安装 | 1. 常规基础Linux命令入门讲解及实操训练。 |
2. R语言简介及安装，RStudio的安装及使用说明。 | |||
3. R语言语法介绍及常用命令。 | |||
15:30-15:45 | |||
15:45-17:00 | R语言数据处理实操 | 4. 数据处理功能及统计应用。 | |
5. R语言画图实操：tSNE，小提琴图，热图，网络图，GO、KEGG富集图，GSEA等图形绘制。 | |||
17:00-18:00 | 晚餐及休息 | ||
第一天晚上（理论） | 18:00-21:00 | 单细胞转录组数据分析思路及流程 | 1. 单细胞高分文章分析思路解析（细胞类群确定、拟时间分析、差异表达、通路富集、转录因子、配体受体互作等）。 |
2. 单细胞转录组比对、定量、分群及拟时间分析等软件及参数。 | |||
3. 单细胞转录组转录因子、功能通路及配体受体互作思路解析。 | |||
4. 单细胞组学分析常用数据库介绍及使用。 | |||
5. 基因富集分析和可视化。 | |||
第二天上午（实操） | 8:45-10:30 | 单细胞数据可视化、细胞分型 | 1. 10X官方单细胞软件Cellranger讲解及实操。 |
2. 从基因表达矩阵开始到marker基因筛选全过程讲解及实操。 | |||
3. 通过Seurat软件进行PCA及tSNE降维。 | |||
10:30-10:45 | 茶歇 | ||
10:45-12:00 | 单细胞数据marker鉴定及差异分析 | 4. 单细胞转录组细胞鉴定及聚类分析。 | |
5. 通过Seurat及GSVA等进行单细胞转录组差异分析。 | |||
12:00-13:30 | 午餐及午休 | ||
第二天下午（理论+实操） | 13:30-15:00 | 单细胞数据轨迹分析，功能富集 | 1. 通过Monocle软件进行单细胞转录组拟时间分析。 |
2. 通过DAVID及metascape网站进行通路富集分析。 | |||
3. 单细胞数据分析总结。 | |||
15:00-15:15 | 茶歇 | ||
15:15-17:00 | 单细胞数据挖掘思路及标书构思、准备 | 1. 归纳总结零成本单细胞数据挖掘思路。 | |
2. 单细胞测序基金申请思路、准备内容及需要注意的几点等。 | |||
备注：必须携带电脑，上课主要软件为R和Rstudio，涉及部分Linux系统，讲师会详细带着操作 |
会议时间:
深圳班：2019年11月23-24日，22日可报到（下午3点-晚上8点）
上海班：2019年12月21-22日，22日可报到（下午3点-晚上8点）
会议地点：
深圳班：清华大学深圳国际研究生院-C1栋 南山区丽水路2279号
上海班： 上海中兴和泰酒店 浦东新区科苑路866号
主办方：医药加科研培训中心
承办方：上海遐永医药科技有限公司
协办方：清华大学伯克利深圳学院
收费标准：会务费：3300元每位（包含电子版教材、午餐，住宿费自理。）
优惠政策：
1. 提前确认报名及转账的，可以提前拿到学习材料
2. 三人组团报名，每人优惠100元
3. 四人组团报名，每人优惠200元，
4. 五人组团报名缴费，额外带一人免费注册！
5. 医药加SCI年卡会员免注册费（SCI年卡费用是1.8万）
可以开正规会务发票，纸质邀请函（盖红章）。
需要注意的几点：携带windows系统的电脑，安装最新版本R和Rstudio
报名方式：
联系人：王老师 13818765978 金老师 18917745941
咨询报名：请加学习班秘书微信bioojia01
医药加金牌讲师团会在现场给学员们面授科研策略与技能。
医药加金牌学习班特色：
医药加金牌学习班自开办以来，已经成功举办了几百期，培训了全国（包涵港、澳、台地区）及加拿大、丹麦、澳大利亚等国家超过千家科研单位的近万名学员。良好的课堂氛围和讲师耐心的课后跟进，获得了学员的交口称赞。医药加金牌学习班，是让学员们真正能够学以致用，在科研上更上一层楼的学习班。
11-12月份医药加学习班课程安排
| 11.9-10 | 广州南洋长胜酒店 | 第11期肠道菌群与代谢组学课题设计及研究策略专题研讨会 |
| 11.9-10 | 广州南洋长胜酒店 | 2020国自然基金标书课题构思辅导班（含有个性化点评辅导） |
| 11.8-10 | 北京金泰绿洲酒店 | 第48期循证医学与meta分析（含网状meta分析）三天精讲学习班 |
| 11.9-10 | 北京金泰绿洲酒店 | 临床研究设计与实用医学统计研讨班 |
| 11.9-10 | 北京金泰绿洲酒店 | 第15期中药网络药理学的研究策略与实用技能研讨班 |
| 11.16-17 | 北京金泰绿洲酒店 | 2020国自然基金标书课题构思辅导班（含有个性化点评辅导） |
| 11.16-17 | 上海中兴和泰酒店 | 基于R语言的机器学习与医学研究 |
| 11.16-17 | 上海中兴和泰酒店 | 高通量数据挖掘与网络构建作图班 |
| 11.23-24 | 上海中兴和泰酒店 | 非编码RNA数据分析与课题设计学习班 |
| 11.23-24 | 上海中兴和泰酒店 | 临床研究设计与实用医学统计研讨班 |
| 11.23-24 | 上海中兴和泰酒店 | 第16期基因编辑技术学习班 |
| 11.23-24 | 清华伯克利深圳学院 | 单细胞测序数据分析挖掘与课题设计面授会 |
| 11.22-24 | 清华伯克利深圳学院 | 第38期调控性非编码RNA与外泌体研究实战研讨班 |
| 11.22-24 | 清华伯克利深圳学院 | python语言零基础三天学习班 |
| 11.30-12.1 | 哈尔滨医科大学附属肿瘤医院 | 第十三期TCGA,GEO生信高通量数据挖掘专题学习班 |
| 11.30-12.1 | 北京金泰绿洲酒店 | 第8期临床资料深度挖掘与临床预测模型构建提高研讨班 |
| 11.29-12.1 | 上海中兴和泰酒店 | 第49期循证医学与meta分析（含网状meta分析）三天精讲学习班 |
| 12.7-8 | 上海中兴和泰酒店 | 蛋白组学与代谢组学学习班 |
| 12.7-8 | 上海中兴和泰酒店 | 2020国自然基金标书课题构思辅导班（含有个性化点评辅导） |
| 12.13-15 | 北京金泰绿洲酒店 | TCGA/GEO高通量公共数据库挖掘学习班 |
| 12.21-22 | 上海中兴和泰酒店 | 第9期临床资料深度挖掘与临床预测模型构建提高研讨班 |
| 12.21-22 | 上海中兴和泰酒店 | 第39期调控性非编码RNA与外泌体研究实战研讨班 |
| 12.21-22 | 上海中兴和泰酒店 | 单细胞测序数据分析挖掘与课题设计面授会 |
| 12.27-29 | 广州南洋长胜酒店 | 第50期循证医学与meta分析（含网状meta分析）三天精讲学习班 |
| 12.28-29 | 广州南洋长胜酒店 | 高分SCI文章及标书作图（暨AI软件作图）学习班 |
| 12.28-29 | 广州南洋长胜酒店 | 第16期中药网络药理学的研究策略与实用技能研讨班 |
| 12.28-29 | 广州南洋长胜酒店 | 临床研究设计与实用医学统计研讨班 |
| 12.27-29 | 上海中兴和泰酒店 | TCGA/GEO高通量公共数据库挖掘学习班 |
| 12.28-29 | 上海中兴和泰酒店 | 表观遗传学数据分析与课题设计研讨会 |
| 12.28-29 | 上海中兴和泰酒店 | 第12期肠道菌群与代谢组学课题设计及研究策略专题研讨会 |
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